南瓜子含有丰富的不饱和脂肪酸、磷脂、谷固醇、单糖类、维生素A、维生素E、维生素C、B族维生素，还有胡萝卜素、丰富的蛋白质和锌、镁、磷、钠、铁、硒等微量元素。可健脑提神，降压镇痛，驱虫杀虫，保护前列腺，有很好的杀灭人体内寄生虫的作用。可以缓解静止性心绞痛。并有降压的作用。

南瓜子还可用于绦虫证。南瓜子仁研末服还常用于治疗蛔虫证及血吸虫病，均能取得一定的疗效。此外，本品还可用于营养不良、面色萎黄及小儿疳积，可配花生的功效与作用仁，核桃仁的功效与作用共服。

南瓜子富含脂肪酸，对男性前列腺有保健作用；南瓜子所含的泛酸有降血压作用；南瓜子所含的不饱和脂肪酸及植物蛋白可预防动脉硬化等心脑血管疾病；南瓜子所含的亚油酸可降低血糖，对糖尿病患者有利。